誰を代表取締役とするかは会社と取締役との関係ですが、連帯保証契約というのは銀行と取締役との契約ですから、会社の意向のみで変更することができません。
銀行の了承を得ることが必要です。ただし、新しい代表取締役に問題がなければ、銀行も保証人の変更に応じることが多いようです。